根據凱達格蘭館內導覽員的解說，舊時平埔族對北投四處煙霧繚繞懷有恐懼，相傳居住在此的女巫就以巫術祈禱，化解大家對於硫磺的困惑以及恐懼。北投地名的由來，有一說法便是源自平埔族語中的「Paktao」，即祈禱的女巫之意。
凱達格蘭館二樓是尋根探源的第一站，這裡所擺設的展示主要有台灣平埔各族系今昔家園與生活文化、族群分布和歷來的遷徙路線。
平埔遇上漢人 交流亦受壓
在平埔族食衣文化上方面，與漢人多有差異，以前台灣四處可見梅花鹿，平埔族便以鹿肉為食，鹿皮曬乾，冬天時當作禦寒的衣服穿，漢人來台之後才從漢人身上學到織布技巧。
而平埔族的小孩子出生之後便會被到河裡沐浴，目的為測試孩子的存活率強不強，假如能夠適應的話，就代表著孩子將來能夠成為勇士。
在傳統上，平埔族的婦女背小孩的方式皆為側背，因為除了方便哺乳之外，還和一段傳說有關，相傳族裡曾經有婦女把小孩背在背上，被巫婆換成畚箕。
平埔族為母系社會，女生娶男生，男方在入贅之前必須要在女方家做事
漢人來台後，為了獲取土地，會利用通婚的方式獲取土地開墾。或是利用平埔族的觀念上，對於埋葬過親人的土地是不吉利的，因此埋葬過屍體的土地將會捨棄，漢人抓住這個弱點，任意丟棄屍體在土地上，來獲取土地。
凱達格蘭 族群分部
由語言資料來看，凱達格蘭大致可以沿淡水河、基隆河和新店溪為界，分為兩個支系；加上遷移至宜蘭的一支，主要有馬賽、雷朗、哆囉美遠三群。
馬賽（Basay）指淡水河和新店溪以北、以東的一群，包括基隆、淡水和貢寮一帶；重要聚落如大小雞籠社、金包里社、三貂社、新社（三貂新社）等。但近年有部分學者認為，由記錄中的語言資料來看，馬賽人應該是屬於一個獨立的族群。
被稱為雷朗（Luilang）的族群，主要指分布於淡水河以南、基隆河以西的平埔族，包括台北盆地和桃園一帶。這一支系是凱達格蘭的中心區，重要聚落儒雷朗社、擺接社、武勞灣社、里族社、毛少翁社、塔塔悠社、錫口社、大浪泵社、南崁社、霄裡社、龜崙社、坑仔社等。
而第三群是哆囉美遠（Torobiawan），指遷移至宜蘭平原的馬賽人，主要有哆囉美遠和里腦兩社。根據1906年伊能嘉矩﹡的推論，三貂社可能是凱達格蘭族的祖社。之後凱達格蘭族沿著北部的海岸一路北上，在基隆和平島落腳組成大雞籠社、金山的金包里社、石門的小雞籠社、淡水的淡水社、大屯社、圭柔山社、外北投社。
接著又沿著淡水河往南遷移，於挖仔尾組成八里坌社。繼續沿著海岸向南，於桃園地區發展為龜崙社、南崁社、霄理社，達到了凱達格蘭族分布的最南端。而另有一支族群則沿著基隆河進入台北盆地，發展形成了暖暖社、馬陵坑社、塔塔悠社、里族社等社。
另有依語言學的角度，提出對於凱達格蘭族登陸地不同的看法，指出凱達格蘭族祖先是由淡水河口進入台灣北部定居，接著才往東移往南擴散遷移。
平埔各族因處平地，與漢人的接觸機會較多，加上漢人沒有攜眷，因此通婚漢化程度都極深。在此情況下，除了被漢人歸類為「熟番」外，原有文化制度也迅速滅失。
平埔族尋根 踏先人步履
自漢人來台之後，平埔族群的遷移行動就陸續展開，館內所擺設的物品展示了其中較具規模的四次遷徙。
平埔族群的第一次遷徙，起因為巴則海族人潘賢文不滿清朝政府律令，於是聯合巴布薩族、道卡斯族、洪雅族等一千餘人，遷移到噶瑪蘭（今宜蘭）。但該地早有先住居民和漢人佔居，其移居條件不甚理想，移往後生活亦不安定，致有回歸原社之情況。
第二次遷徙得發生，是中部平埔族的道卡斯族、巴則海族、巴布薩族和洪雅族等五族的三十六社，不願在漢人欺壓下忍氣吞聲，寧可拋棄家園，共同議定《公議同立合約字》，相繼進入埔里盆地的埔社（布農族部落）開墾，之後遷入埔里盆地的社地－眉社（泰雅族部落）。這次遷移也是平埔族遷移史上規模最大的一次。
遷移至埔里盆地的平埔族群，把舊社帶入了新遷居地，因此留下如阿里史、大肚、日南、房里等以平埔舊社為名的地名，而這些地名有些延用至今。
而第三次的平埔族遷徙則是居住在台南平原的西拉雅族，生活上同樣受到遷台漢人壓迫，因此逐漸往內陸山區遷移。最後甚而轉往俗稱「後山」的台灣東部發展，其遷移途徑分為陸路和水路。
蘭陽平原為噶瑪蘭族世居地，這裡的平埔族住民同樣與漢人爭墾受到欺壓，而遷移至他處，形成了平埔族第四次大遷徙。